Kuala Lumpur FA

Safee telah dibawa ke Kuala Lumpur oleh Igor Novak. Igor telah mengesan bakat Safee dan membawanya ke Kuala Lumpur. Beliau telah menjaringkan hatriknya yang pertama di dalam satu perlawanan Liga Perdana Malaysia menentang Perak TKN, yang berakhir dengan membelasah 6-2. Beliau telah menjaringkan 11 gol di dalam musim pertamanya untuk menjadi penjaring gol kedua terbanyak di belakang Azman Adnan. Semasa musim 2004, beliau hanya berupaya untuk menjaringkan 2 gol liga. Di dalam musim terakhirnya dengan Kuala Lumpur, beliau telah menjaringkan 7 gol liga, 3 gol di dalam Piala FA Malaysia 2005 membawa Kuala Lumpur FA ke separuh akhir, dan 1 gol di dalam Piala Malaysia 2005.

German-Malaysian Institute FC

Kemudian, beliau menyertai GMi FC lalu menjadi penjaring gol tempatan teratas dengan 19 gol. Prestasinya menarik perhatian peminat bola sepak dan jurulatih kebangsaan. Kebolehannya menjaringkan gol dibandingkan dengan Allahyarham Mokhtar Dahari.

Selangor FA

Safee menyertai Selangor FA untuk musim 2006/07, lalu diserahkan jersi nombor 10 yang pernah dipakai oleh legenda Selangor FA dan pasukan kebangsaan, Allahyarham Mokhtar. Bersama Selangor, Safee membantu pasukannya mencapai pusingan akhir Piala FA dan Piala Malaysia. Bagaimanapun, Selangor tewas kepada Kedah FA di kedua-duanya dengan mata sama 3-2.

Dalam Piala Sultan Selangor 200, Safee menjaringkan gol yang mengagumkan terhadap pasukan pilihan Singapura.[5]

Perlawanan terakhir Safee dengan Selangor adalah seri 1-1 menentang Kuala Lumpur FA sebelum pemergiannya ke Karawang, Indonesia untuk menyertai Pelita Jaya.

Pelita Jaya FC

Pada 5 Februari 2011, secara rasminya Safee berpindah ke pasukan Liga Super Indonesia, Pelita Jaya dengan yuran perpindahan sebanyak USD30,000 dan gajinya sebanyak USD10,000 atau RM 30,360.[6][7] Safee menandatangani kontrak 1 tahun dengan Pelita Jaya. Ini menjadikan beliau seorang pemain bola sepak Malaysia pertama yang beraksi di Liga Super Indonesia.[8]

Pada mulanya Safee telah diberi jersi nombor 10, Tetapi disebabkan masalah pendaftaran, sebaliknya beliau telah memilih nombor 55. Safee telah membuat penampilan tidak rasmi menentang kelab amatur, Ragunan FC di dalam kemenangan 6-0, yang mana Safee telah menjaringkan dua gol dan menolong dua kali. Safee telah menjadikan kemunculannya di dalam Liga menentang Sriwijaya FC yang berakhir dengan kemenangan 1-0 di mana Safee telah menjaringkan satu gol memberikan Pelita Jaya kemenangan yang pertama di dalam 5 perlawanan serta diundi pemain terbaik perlawanan.[9]

Darul Takzim FC

Ketika kempen antarabangsa bersama skuad kebangsaan Piala Suzuki AFF 2012 sedang berlangsung, pihak pengurusan Darul Takzim FC mengumumkan bahawa mereka berjaya mendapatkan tandatangan Safee untuk menyertai pasukan Transformasi dari selatan berkenaan secara pinjaman. Ini bermakna para peminat bolasepak tempatan di Malaysia boleh melihat kelibat Safee beraksi semula di Liga Malaysia bermula 2013 terutama peminat di Selatan tanah air.

PKNS FC

Pada 2017, Safee mengumumkan bahawa beliau telah menandatangani dengan PKNS. Di bawah jurulatih Datuk K. Rajagobal, Safee muncul sebagai rakan sepasukan untuk pemenang S.League Golden Boot dua kali, Rafael Ramazotti.[10] Perlawanan pertama mereka adalah seri 2-2 di Terengganu FC. Beberapa hari kemudian dalam perlawanan pembukaan rumah mereka pada 7 Februari 2018 di Stadium Shah Alam, Safee meraih gol kemenangan pada masa kecederaan ketika menang 1-0 menentang Pahang.[11]